Doceniając wartość wychowania przedszkolnego, Bojanowski opracował szczegółowe przepisy, którymi służebniczki miały kierować się w swojej pracy z dziećmi. Znał metody stosowane w innych ochronkach prowadzonych w krajach europejskich: we Francji, Niemczech, w Czechach i na ziemiach polskich innych zaborów. Znał dobrze metodę Fröbla i wskazówki wychowawcze Cieszkowskiego. Nawet zapoznawał się z systemem wychowawczym starożytnych Greków. „Metodę Fröbla znałem już z pism samego Fröbla, ale zdała mi się zawsze zbyt wymuszoną i niepraktyczną dla dzieci. Natomiast opowiedziałem ks. Brzezińskiemu rozkład zajęć dziecięcych, który zamierzam do naszych ochronek wprowadzić". Bojanowski patrząc na koncepcje wychowawcze różnych poprzedników zachwyca się równocześnie poczynaniami tychże twórców, w których widział szansę skutecznego przeciwdziałania zaniedbaniom wychowawczym dzieci wiejskich. Jednak żadnej metody nie przyjął dla zakładanych przez siebie ochronek. Uważał, że w wychowaniu polskiego dziecka powinny występować rodzime pierwiastki. „Wychowanie więc jest zachowywaniem obyczajów rodzinnych – ma charakter zachowawczy tych zwyczajów, z których idą obyczaje". Nie zostawił jednak żadnego dzieła zawierającego syntezę jego poglądów pedagogicznych. Mimo to możemy znaleźć wiele cennych wypowiedzi na temat wychowania, propozycje nowych projektów, stosowanie metod odpowiednich dla wieku dziecięcego w jego „Notatkach" w „Dzienniku", „Regule" i „Listach".

Poglądy Bojanowskiego były nieco inne niż proponowała ówczesna epoka. Uważał bowiem, że w wychowaniu należy uwzględnić właściwości psychiczne każdego dziecka, tempo jego rozwoju duchowego i fizycznego, poziomu jego inteligencji, zainteresowania, uzdolnienia i charakter . Każde dziecko było dla niego odrębną indywidualnością, różniło się od swoich rówieśników rozmaitymi cechami psychicznymi i fizycznymi. Doceniając wartości osobowe wychowanków, ich odrębność i wolność, niepowtarzalność każdego wychowanka, dostosowywał do niego metody wychowawcze. Bojanowski dzielił dzieci na dwie grupy: od 3 do 6 lat i starsze, które miały uczęszczać do szkoły, ponieważ uważał, że postawy dzieci wobec rzeczywistości w tych fazach są różne. Do młodszych przemawiał nawiązując do ich wrażliwości zmysłowej, na starszych oddziaływał poprzez rozum i wolę.

Edmund Bojanowski opracował szczegółowe przepisy, którymi służebniczki miały kierować się w swej pracy ochronkowej – „dzisiejszy dzień przepędziłem samotnie przy pracy nad spisywaniem Reguły ochronkowej co do prowadzenia dzieci. Podział zajęć na dzień, tydzień i rok wedle zwyczajów Kościoła i naszego ludu streściłem w krótkich paragrafach. Porządek ten, nad którym od dawna przemyśliwałem, dzisiaj pierwszy raz spisałem cały w krótkości" .

Bojanowski sam troszczył się o to, aby jego założenia pedagogiczne były realizowane wspomagając siostry swoją obecnością, swoimi uwagami, a także organizowaniem dla nich specjalnych kursów. „Ochroniarki pracowały pod przewodnictwem Założyciela, który codziennie po wysłuchaniu Mszy św. odwiedzał je w podrzeckiej ochronce" . W swoich zapiskach Bojanowski notuje „Po południu sprowadziłem miejscowego nauczyciela i odbyła się pierwsza lekcja śpiewu (Piosnek ochronkowych)" , oraz „Nowicjuszki miewają co dzień lekcje czytania, pisania, opowiadania, katechizm, Historię św. i śpiew".

Metoda wychowawcza Bojanowskiego opierała się na religii, a przy tym uwzględniała pełny rozwój dziecka tak duchowy jak i fizyczny. Chodziło mu o integrację fizyczno-umysłowego wychowania dziecka. Troszcząc się o młodego człowieka chce, aby postęp szedł w parze z rozwojem umysłu, ale bez przeciążenia przedwczesnym nauczaniem.

Plan dzienny, tygodniowy i roczny nakreślony dla ochronek przez Bojanowskiego, ułożony był – jak sam zaznaczył – według całokształtu życia ludzkiego. Odpowiedni paragraf przepisów głosił: